Clinica:用于可重复临床神经科学研究的开源软件平台
定量方法
2021-08-03 v1
摘要
我们推出Clinica(www.clinica.run),一个旨在使临床神经科学研究更简便且更具可重复性的开源软件平台。Clinica旨在让研究人员:i)减少在数据管理与处理上的时间,ii)对其方法进行可重复的评估,iii)在其机构内部及与外部合作者之间轻松共享数据与结果。Clinica的核心是一组用于处理和分析多模态神经影像数据(目前包括T1加权MRI、扩散MRI和PET数据)的自动流水线,以及用于统计、机器学习和深度学习的工具。它依赖于脑影像数据结构(BIDS)来组织原始神经影像数据集,并基于社区编写的成熟工具构建其流水线。它还提供将公共神经影像数据集转换为BIDS的转换器(目前支持ADNI、AIBL、OASIS和NIFD)。处理后的数据包括图像值标量场(如组织概率图)、网格、基于表面的标量场(如皮层厚度图)或标量输出(如区域平均值)。这些数据遵循ClinicA处理结构(CAPS)格式,其与BIDS理念相同。原始与处理后神经影像文件的一致组织便于单个流水线及流水线序列的执行,以及将处理数据集成到统计或机器学习框架中。Clinica的目标受众是开展涉及多模态成像的临床神经科学研究的神经科学家或临床医生,以及开发应用于神经影像数据的先进机器学习算法的研究人员。
引用
@article{arxiv.2107.10256,
title = {Clinica: an open source software platform for reproducible clinical neuroscience studies},
author = {Alexandre Routier and Ninon Burgos and Mauricio Díaz and Michael Bacci and Simona Bottani and Omar El-Rifai and Sabrina Fontanella and Pietro Gori and Jérémy Guillon and Alexis Guyot and Ravi Hassanaly and Thomas Jacquemont and Pascal Lu and Arnaud Marcoux and Tristan Moreau and Jorge Samper-González and Marc Teichmann and Elina Thibeau--Sutre and Ghislain Vaillant and Junhao Wen and Adam Wild and Marie-Odile Habert and Stanley Durrleman and Olivier Colliot},
journal= {arXiv preprint arXiv:2107.10256},
year = {2021}
}