Pennsieve：面向转化神经科学及更广泛领域的协作平台
计算机与社会
2024-09-24 v2 数据库
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摘要
神经科学数据的指数级增长需要能够促进数据管理和多学科协作的平台。在本文中，我们介绍了 Pennsieve——一个为满足这些需求而构建的开源、基于云的科学数据管理平台。Pennsieve 支持复杂的多模态数据集，并提供数据可视化与分析工具。它采用全面的数据集成方法，使研究人员能够定义自定义元数据模式，并利用高级工具对其数据进行过滤和查询。Pennsieve 的模块化架构允许外部应用程序扩展其功能，具有同行评审数据发布机制的协作工作区促进了针对云端和本地下游分析优化的高质量数据集。Pennsieve 构成了主要神经科学研究计划的核心，包括 NIH SPARC 计划、NIH HEAL 计划的 PRECISION Human Pain Network 以及 NIH HEAL RE-JOIN 计划。它在全球范围内服务于 80 多个研究团队，以及宾夕法尼亚大学临床站点的几个大规模跨机构项目。作为 SPARC.Science、Epilepsy.Science 和 Pennsieve Discover 门户的基础，Pennsieve 存储了超过 125 TB 的科学数据，其中 35 TB 数据在 350 多个高影响力数据集中公开可用。它遵循可发现、可访问、可互操作和可重用 (FAIR) 的数据共享原则，并被公认为 NIH 批准的数据存储库之一。通过促进科学数据的管理、发现和分析，Pennsieve 为神经科学及更广泛领域培育了一个强大且协作的研究生态系统。
引用
@article{arxiv.2409.10509,
title = {Pennsieve: A Collaborative Platform for Translational Neuroscience and Beyond},
author = {Zack Goldblum and Zhongchuan Xu and Haoer Shi and Patryk Orzechowski and Jamaal Spence and Kathryn A Davis and Brian Litt and Nishant Sinha and Joost Wagenaar},
journal= {arXiv preprint arXiv:2409.10509},
year = {2024}
}
备注
71 pages, 12 figures