纳米通道内推动双链 DNA 形成的结
软凝聚态物质
2021-11-23 v1 生物物理
摘要
近期实验表明，单条 DNA 链中的结可通过纳米通道内的流体动力压缩形成。在本文中，我们通过开展一项计算压缩实验进一步阐明其潜在的分子机制：将受限在方形通道中的平衡粗粒化双链 DNA 用活塞推动。成结概率是持续长度的非单调函数，并可通过增大活塞速度而显著增强。在压缩下，由于产生跨越链的环的回折机制，结大量且离域化地出现；而在平衡态下结较少且仅有微弱局域化。因此，我们的计算研究为纳米孔中 DNA 结的形成、起源与控制提供了见解。
引用
@article{arxiv.2111.11079,
title = {Knot formation of dsDNA pushed inside a nanochannel},
author = {Jan Rothörl and Sarah Wettermann and Peter Virnau and Aniket Bhattacharya},
journal= {arXiv preprint arXiv:2111.11079},
year = {2021}
}
备注
5 pages, 3 figures