腺嘌呤核糖开关中的吻环相互作用：来自伞形采样模拟的见解

核糖开关是顺式作用调控RNA元件，普遍位于细菌mRNA的前导序列中。一个腺嘌呤感应核糖开关在创伤弧菌（Vibrio vulnificus）中顺式调控腺苷脱氨酶基因（add）。调控其配体结合后构象变化的结构机制大多仍有待阐明。在此开放框架下，有研究提出配体稳定了远端“吻环”复合物的相互作用。利用精确的全原子显式溶剂分子动力学结合增强采样技术与先进分析方法，有可能为这些三级接触的形成提供更细致的视角。本工作中，我们使用伞形采样模拟研究了在同配体存在与不存在情况下吻环复合物的热力学。我们约束两个环之间的距离，强制环-环相互作用的断裂/形成。我们还通过使用两种可选的初始化协议评估了结果的收敛性。采用一种分析碱基接触的新方法进行结构分析。我们的模拟定性表明配体可稳定吻环复合物。我们还与已发表的模拟研究进行了比较。配体所致的吻环复合物稳定作用与现有实验数据相符。然而，其数值对伞形采样模拟初始化协议的依赖性，对结果的定量解释提出了一些疑问，并呼吁进行收敛性更好的增强采样模拟。