温度加速切片采样模拟中的势垒跨越事件动力学
化学物理
2025-09-08 v1
摘要
温度加速切片采样（TASS）是一种成熟的增强采样方法，它通过结合伞形约束偏置、元动力学偏置和集体变量的温度加速，进行定向采样，从而促进对高维集体变量（CV）空间的详尽探索。在这项工作中，我们通过引入一种计算势垒跨越事件速率常数的协议，拓宽了 TASS 的适用范围。本文解决的挑战是从 TASS 模拟的不同切片计算出的自由能数据中恢复动力学信息。所提出的协议利用了基于人工神经网络的高维自由能景观表示，以及非频繁元动力学方法。我们通过获取真空中丙氨酸二肽构象变化、苯甲脒从胰蛋白酶上解离以及阿司匹林从β-环糊精上解离的速率常数，证明了该方法的准确性。
引用
@article{arxiv.2509.05068,
title = {Kinetics of Barrier Crossing Events from Temperature Accelerated Sliced Sampling Simulations},
author = {Sameer Saurav and Debjit Das and Ramsha Javed and Nisanth N. Nair},
journal= {arXiv preprint arXiv:2509.05068},
year = {2025}
}