从基因组数据推断遗传适应度
种群与进化
2020-05-27 v1 定量方法
摘要
自然演化群体的遗传组成被认为是由突变、选择、遗传漂变和重组共同决定的。选择被建模为单位点项（加性适应度）和两位点项（成对上位性适应度）。所提出的问题是从一个演化群体时间序列的群体范围全基因组数据中推断上位性适应度。我们在计算机中生成此类数据，并表明在 Kimura、Neher 和 Shraiman 的准连锁平衡（QLE）阶段——该阶段在足够高的重组率和足够低的突变率下成立——可使用逆 Ising/Potts 方法定量正确地推断上位性适应度。
引用
@article{arxiv.2001.02173,
title = {Inferring genetic fitness from genomic data},
author = {Hong-Li Zeng and Erik Aurell},
journal= {arXiv preprint arXiv:2001.02173},
year = {2020}
}