弯曲刚度对半柔性聚合物基态构象的影响
软凝聚态物质
2023-06-07 v1 统计力学
生物物理
计算物理
摘要
许多RNA、DNA甚至蛋白质的变体可被视为半柔性聚合物，其中弯曲刚度作为一种能量惩罚，在结构形成过程中与吸引性的范德华力相互竞争。在此，我们系统研究了一种通用粗粒度半柔性聚合物模型中弯曲刚度对基态构象的影响。该模型具有多个转变势垒。因此，我们采用先进的广义系综蒙特卡洛方法来搜索最低能量构象。由于包括紧密球状、棒状束和环状体在内的不同多功能基态构象的形成强烈依赖于弯曲约束的强度，我们还对接触图和距离图进行了详细分析。
引用
@article{arxiv.2306.03332,
title = {Impact of bending stiffness on ground-state conformations for semiflexible polymers},
author = {Dilimulati Aierken and Michael Bachmann},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.03332},
year = {2023}
}