受基因组组装问题启发的超图覆盖问题
数据结构与算法
2013-06-21 v2
摘要
连续 1 性质 (Consecutive-Ones Property, C1P) 是离散数学中的一个经典概念，已应用于多个基因组学领域，从当代基因组的物理图谱绘制到古代基因组的组装。基因组组装中的一个常见问题是重复序列，即出现在基因组多个位置的基因组序列。处理重复序列导致了 C1P 的一个变体，即具有多重性的 C1P (mC1P)，该问题也可被视为通过线性和环形行走覆盖超图边的问题。在本文中，我们描述了解决基因组组装特定问题的 mC1P 变体，以及用于求解它们的多项式时间或固定参数算法。
引用
@article{arxiv.1306.4353,
title = {Hypergraph covering problems motivated by genome assembly questions},
author = {Cedric Chauve and Murray Patterson and Ashok Rajaraman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1306.4353},
year = {2013}
}
备注
13 pages+3 page appendix