一种用于基于家系的单倍型重建的图染色方法
组合数学
2022-12-16 v2 基因组学
摘要
边约束顶点染色（ECVC）问题定义于有限多重图上，我们刻画了其解，并给出了在同一底层多重图上求解 个 ECVC 问题的线性时间算法。利用 ECVC 问题，我们开发了一种新颖的基于家系的单体型（单倍型）重建方法，该方法在标记数与家系大小上均具有线性时间复杂度，并具备许多其他理想性质。为此，我们针对一个家系无重组的基因组区间定义了多重图。
引用
@article{arxiv.2110.07101,
title = {A graph coloring approach to family-based haplotype reconstruction},
author = {Jason A. Anema and Laura Escobar},
journal= {arXiv preprint arXiv:2110.07101},
year = {2022}
}
备注
11 pages