祖先基因组重建中连续1性质的最小冲突集
基因组学
2011-10-13 v1 数据结构与算法
摘要
如果一个二值矩阵的列可以按某种方式排序，使得每行上的所有1都是连续的，则该矩阵具有连续1性质（C1P）。最小冲突集是一个不具有C1P的行集合，但其每一个真子集都具有C1P。此类子矩阵在比较基因组学应用中已被考虑，但关于其组合结构和高效计算算法所知甚少。我们首先描述了一种检测属于最小冲突集的行的算法。当所考虑矩阵每行中1的数量受常数限制时，该算法具有多项式时间复杂度。接下来，我们证明了计算所有最小冲突集的问题可以归约为联合生成某个单调布尔函数的所有极小真子句和极大假子句。我们在与祖先基因组重建相关的模拟数据上使用这些方法，表明计算最小冲突集在区分真阳性和假阳性祖先同线性方面是有用的。我们还研究了一个酵母基因组数据集，并探讨了酿酒酵母科酵母祖先基因组提议的可靠性。
引用
@article{arxiv.0912.4196,
title = {Minimal Conflicting Sets for the Consecutive Ones Property in ancestral genome reconstruction},
author = {Cedric Chauve and Utz-Uwe Haus and Tamon Stephen and Vivija P. You},
journal= {arXiv preprint arXiv:0912.4196},
year = {2011}
}
备注
20 pages, 3 figures