蛋白质氨基酸突变表中隐藏的热力学信息
其他定量生物学
2016-01-14 v1
摘要
我们将基于块比对的标准 1992 年 20x20 替换矩阵 BLOSUM62 与标准 1982 年氨基酸疏水性标度 KD 以及现代 2007 年疏水性标度 MZ 结合，并比较结果。具有 20 个参数的 KD 和 MZ 疏水性标度具有不同的热力学特征，分别对应于一级和二级相变。KD 和 MZ 的比较表明，突变率反映了定性氨基酸疏水与亲水二元 2x10 属性的定量迭代，这些属性定义了四元 4x5 子群（而非五元 5x4 子群），其中现代 MZ 生物信息学标度给出好得多的结果。四元 5 聚体 MZ 4x5 子群被称为 mutons (Mu5)。
引用
@article{arxiv.1601.03037,
title = {Hidden Thermodynamic Information in Protein Amino Acid Mutation Tables},
author = {V. Sachdeva and J. C. Phillips},
journal= {arXiv preprint arXiv:1601.03037},
year = {2016}
}
备注
14 pages, 4 figures, 4 tables