Homo erectus 新年快乐？更多证据表明在现代人类/尼安德特人分化之前存在与古人类的杂交

本文进一步评估和检验了关于现代与古人类基因组进化的一系列先验假设。除了众所周知的涉及尼安德特人基因流入非洲以外人群，或丹尼索瓦人基因流入大洋洲人群的分裂/基因渗入事件外，我们还详细考虑了 Waddell 等人 (2011) 提出的一系列其他古人类分裂假设。这些假设包括丹尼索瓦人与某种显著更古老的物种存在关联的信号，以及可能存在的向巴布亚人的更古老基因流入。我们将这些假设与一些广受宣传的基因渗入事件进行了对比，例如丹尼索瓦人基因在整个东亚的分布、古人类基因流入桑人，或大洋洲人、东亚人和欧洲人之间的非树状混合。总体结果表明，这些较少被关注且令人惊讶的古人类分裂在基因组序列数据中拥有同等甚至更多的支持。此外，评估证实了古人类基因在现代 X 染色体上极为罕见，甚至可能几乎完全缺失的假设，这表明对其基因渗入存在强烈的选择压力。通过对相对分裂权重的建模，可以推断丹尼索瓦人基因组中来自更古老古人类的比例，最佳估计值约为 2%。利用定量与定性形态学数据的混合以及 novel 系统发育方法，我们发现有力证据支持存在多个不同的中更新世谱系。其中，SH5、Petralona 和 Dali 等化石人类似乎是向丹尼索瓦人贡献前尼安德特人/现代古人类基因的主要候选者，而金牛山化石则看起来是丹尼索瓦人近亲的最佳候选者。巴布亚人可能接收了一些真正的古人类基因，这似乎是一个很好的可能性，甚至这些基因可能来自 Homo erectus。