GOLEM：植物启动子内基因调控元件的分布分析工具
基因组学
2023-10-25 v1
摘要
动机：组织发育过程中基因表达的调控极为复杂。基因表达的关键调控机制之一涉及多种蛋白质在众多基因启动子区域对调控基序的识别。这些基序相对于转录起始位点（TSS）或翻译起始位点（ATG）的邻近定位对于调控转录的起始和速率至关重要。受这些基序调控的单个基因的转录水平在不同组织和发育阶段可能有显著差异，尤其是在诸如有性生殖等严格调控的过程中。然而，在特定组织中针对基因转录精确地对基因启动子内的调控基序进行定位与可视化可能具有挑战性。结果：在此，我们介绍一个名为GOLEM（Gene regulatOry eLEMents，基因调控元件）的程序，它使用户能够在整个植物生命树（Marchantia、Physcomitrium、Amborella、Oryza、Zea、Solanum和Arabidopsis）的相关植物基因组中，相对于TSS或ATG精确定位任何感兴趣的基序。基序的可视化是相对于特定基因在叶片和雄性生殖组织中的转录水平进行的，并且可与不考虑转录水平的全基因组分布进行比较。可用性与实现：GOLEM可在 https://golem.ncbr.muni.cz 免费获取，其源代码在GitHub https://github.com/sb-ncbr/golem 依据MIT许可提供。
引用
@article{arxiv.2310.15206,
title = {GOLEM: distribution of Gene regulatOry eLEMents within the plant promoters},
author = {Lukáš Nevosád and Božena Klodová and David Honys and Radka Svobodová and Tomáš Raček and Petra Procházková Schrumpfová},
journal= {arXiv preprint arXiv:2310.15206},
year = {2023}
}
备注
4 pages, 1 figure