二十面体衣壳内的基因组包装与病毒基因组序列的大尺度分割
定量方法
2018-05-22 v2 生物大分子
摘要
具有二十面体衣壳的病毒的组装与成熟必须与二十面体对称性相协调。二十面体对称性还对基因组 RNA/DNA 与衣壳蛋白之间的协同特异性相互作用施加了限制，这应反映在病毒基因组序列的准规则分割中。结合离散直接与双重 Fourier 变换，我们研究了不同 ssRNA、ssDNA 和 dsDNA 病毒基因组序列中的准规则大尺度分割。具体代表包括卫星烟草花叶病毒及卫星烟草坏死病毒株系 STNV-C、STNV-1、STNV-2，大肠杆菌噬菌体 MS2、phiX174、alpha3 和 HK97，以及猴病毒 40。在它们的所有基因组中，我们发现了与病毒粒子组装及二十面体衣壳内基因组包装相关的基因组序列的显著准规则分割。我们还发现我们的结果与关于这些病毒衣壳结构和基因组包装的现有冷冻电子显微镜数据之间具有良好的对应关系。基因组序列的 Fourier 分析为层级基因组包装机制提供了额外见解，并可用于验证病毒粒子组装中三重或五重中间体的概念。在选择模型和解释数据时应考虑序列分析的结果。它们也可能有助于抗病毒药物的研发。
引用
@article{arxiv.1803.09489,
title = {Genome packaging within icosahedral capsids and large-scale segmentation in viral genomic sequences},
author = {V. R. Chechetkin and V. V. Lobzin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1803.09489},
year = {2018}
}
备注
55 pages, 14 figures