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17β-雌二醇、17α-雌二醇与人雌激素受体α之间的FMO相互作用能

生物大分子 2022-01-11 v2

摘要

雌激素受体是一种由天然类固醇激素17β-雌二醇(E2)激活的核激素受体。我们进行了碎片分子轨道(FMO)计算,从而获得了E2、17α-雌二醇(17α-E2)与人雌激素受体α配体结合域之间的相互作用能(EintE_{int})。在水相介质中,MP2/6-31G(d)的EintE_{int}对于E2为-88.52 kcal/mol,对于17α-E2为-78.73 kcal/mol。在配体与所有周围疏水残基之间观察到吸引色散相互作用。在结合位点发现了水分子,并且在配体与Glu 353和His 524残基之间观察到强吸引静电相互作用。本质动力学分析表明,E2适应结合位点,并且其运动在某种意义上与整个受体同步;而17α-E2相对于E2具有更大振幅的运动,扰乱了结合位点。也许正常底物的这一特征是生物学功能的必要条件。另一个重要要求与结合位点的水分子数量有关。因此,EintE_{int}为负值是必要但不充分的条件,因为还必须考虑满足确保所有生物学反应所需全部条件的构象体群体。

关键词

引用

@article{arxiv.2012.10822,
  title  = {FMO Interaction Energy between 17$\beta$-Estradiol, 17$\alpha$-Estradiol and Human Estrogen Receptor $\alpha$},
  author = {Ricardo Ugarte},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2012.10822},
  year   = {2022}
}

备注

12 pages, 10 figures; PCA modes movies. arXiv admin note: text overlap with arXiv:1907.10808. The interaction energy in aqueous systems is corrected (Tables III and IV)