虹鳟鱼雌激素受体亚型结合亲和力的计算估计
生物物理
2010-02-02 v2 计算物理
生物大分子
摘要
利用分子动力学模拟确定了虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）中激素17β-雌二醇（E2）与不同雌激素受体（ER）亚型之间的结合亲和力。先前的系统发育分析表明，在辐鳍鱼分化之前的一次全基因组复制导致了两种不同的ERβ亚型（ERβ1和ERβ2），而祖先鲑科中最近的一次全基因组复制则产生了两种ERα亚型（ERα1和ERα2）。我们计算研究的目标是深入了解这些亚型背后的进化压力。对于ERα亚型，我们的结果表明E2优先结合ERα1而非ERα2。谱系特异性dN/dS比率的检验表明，与所有其他ERα基因相比，ERα2基因的配体结合域正在放松选择下进化。与高度保守的DNA结合域的比较表明，ERα2可能正在经历新功能化，可能通过结合另一种配体。相比之下，ERβ1和ERβ2与E2的结合相似，最佳选择拟合模型表明所有ERβ基因的配体结合域都在相同水平的纯化选择下进化，与ERα1相当。
引用
@article{arxiv.0909.0981,
title = {Computational Estimates of Binding Affinities for Estrogen Receptor Isoforms in Rainbow Trout},
author = {Conrad Shyu and Celeste J. Brown and F. Marty Ytreberg},
journal= {arXiv preprint arXiv:0909.0981},
year = {2010}
}
备注
13 pages, 4 figures, and 2 table