人雌激素受体 $\alpha$ 与所选配体相互作用能量的 FMO 研究
生物大分子
2022-12-13 v1
摘要
在水介质中进行了片段分子轨道（FMO）计算，使我们能够获得人雌激素受体 配体结合域（ER）与所选配体（L）之间的相互作用能量：17-雌二醇（E2）、17-雌二醇（17-E2）、雌三醇（E3）、染料木黄酮（GNT）、己烯雌酚（DES）、双酚 A（BPA）、双酚 AF（BPAF）、羟基氯（HPTE）和甲氧氯（DMDT）。这些计算是在从分子动力学模拟获得的 L-ER 复合物的代表性结构上进行的。MP2/6-31G(d) L-ER FMO 相互作用能量（kcal/mol）如下：E3 (-100.1) < GNT (-95.8) < E2 (-88.5) < BPA (-84.7) < DES (-82.6) < BPAF (-80.6) < 17-E2 (-78.7) < HPTE (-75.9) < DMDT (-46.3)。配体的中心疏水核心与 ER 的若干非极性氨基酸残基发生吸引相互作用。Glu 353 和 His 524 分别通过带有酚 A 环羟基和末端羟基化环的氢键与大多数配体强烈相互作用。在受体的结合位点发现了水分子。在我们的模型系统中，我们展示了配体-受体复合物中通常观察到的情况：配体和结合位点表面上的基团在空间和化学上的互补性。
引用
@article{arxiv.2212.05089,
title = {FMO Study of the Interaction Energy between Human Estrogen Receptor $\alpha$ and Selected Ligands},
author = {Ricardo Ugarte},
journal= {arXiv preprint arXiv:2212.05089},
year = {2022}
}
备注
15 pages, 9 figures. arXiv admin note: text overlap with arXiv:2012.10822