白血病基因调控网络中基因模块与驱动突变的进化及拓扑特性
分子网络
2016-09-28 v1
摘要
当今生命体中的多样化、特化基因演化自古老、基本基因的共同核心。然而，这些基因并非独立演化：基因表达受复杂的相互作用网络控制，且一个基因的改变可能驱动其蛋白质结合伴侣的相应变化。我们表明，一个白血病基因调控网络的拓扑结构与进化特性强烈耦合。缓慢演化（“冷”）、古老的基因倾向于彼此相互作用，快速演化（“热”）、年轻的基因亦然，导致基因成簇演化。我们认为基因复制将古老的冷基因置于网络中心，将年轻的热基因置于外围，并利用单节点中心性度量和两种新的效率度量证明了这一点。将中心性度量与进化信息整合，我们定义了一个医学相关的“癌症网络核心”，其高度富集常见癌症突变（）。这有助于识别驱动突变和治疗靶点。
引用
@article{arxiv.1512.08798,
title = {Evolutionary and topological properties of gene modules and driver mutations in a leukemia gene regulatory network},
author = {Anthony Szedlak and Nicholas Smith and Li Liu and Giovanni Paternostro and Carlo Piermarocchi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.08798},
year = {2016}
}
备注
9 pages, 3 figures