复制与替换突变系统中k-mer频率与熵的演化
信息论
2018-12-07 v1 math.IT
摘要
基因组演化可视为由突变驱动的字串编辑过程。理解这些突变过程所产生的统计特性，对于与生物序列数据相关的多种任务（例如模型参数估计与压缩）具有价值。同时，由于这些过程的复杂性，设计易于处理的随机模型并进行分析具有挑战性。本文研究两类系统，每类代表一组突变。第一类允许串联重复与替换突变，第二类允许散布重复。我们提供随机模型，并通过随机逼近分别研究这两类系统的子串频率演化。具体而言，我们证明k-mer频率几乎必然收敛并确定其极限集。此外，我们给出一种求此类系统熵的上界的方法。
引用
@article{arxiv.1812.02250,
title = {Evolution of $k$-mer Frequencies and Entropy in Duplication and Substitution Mutation Systems},
author = {Hao Lou and Farzad Farnoud and Moshe Schwartz and Jehoshua Bruck},
journal= {arXiv preprint arXiv:1812.02250},
year = {2018}
}