富集分数：评估分子对接模型富集能力的更优定量指标
定量方法
2023-05-23 v4 应用统计
摘要
评估富集能力的标准定量指标依赖于一个截断参数，该参数控制对数尺度x轴的最小值。除非针对给定ROC曲线谨慎选择此参数，否则会出现以下两个问题之一：要么（1）ROC曲线的前若干个inter-decoy区间被直接丢弃，完全不计入指标；要么（2）第一个inter-decoy区间对指标贡献过大，牺牲了其后所有inter-decoy区间。我们通过一种简单方法基于诱饵数量选择截断参数，迫使第一个inter-decoy区间始终对总数值具有稳定且合理的贡献，从而修正了LogAUC的这一问题。此外，我们引入了LogAUC的归一化版本，称为（富集分数），其（1）通过上述方式选择截断参数以保证稳定性，（2）给出更直观有意义的分数，以及（3）允许对不同ROC曲线（即使使用不同诱饵数量生成）所展现的富集能力进行可靠准确的比较。最后，我们利用程序在基准中所包含的目标受体TRYB1上进行的真实回顾性对接研究数据，展示了富集分数相对于非平衡指标的优势。
引用
@article{arxiv.2210.10905,
title = {Enrichment Score: a better quantitative metric for evaluating the enrichment capacity of molecular docking models},
author = {Ian Scott Knight and Slava Naprienko and John J. Irwin},
journal= {arXiv preprint arXiv:2210.10905},
year = {2023}
}