夹紧DNA超螺旋所需的能量
软凝聚态物质
2018-03-28 v2
摘要
DNA超螺旋在生物学层面扮演着重要角色。其在超分子层面的后果之一是形成称为超螺旋（plectonemes）的DNA超螺旋结构。DNA超螺旋的两条反向双链通常相距约10纳米，如果参与基因调控的蛋白质或蛋白质复合物要同时结合到两条链上，就必须将两条链拉近，如同超螺旋被局部夹紧。我们提出了一种解析计算方法，用于估算将位于两条反向双链上的两个位点拉近所需的弹性性质的能量势垒。我们考察了该能量势垒如何随DNA超螺旋程度变化。对于物理上相关的弹性参数和超螺旋密度值，我们表明在生理条件下，该能量势垒处于量级，从而证明位点相遇的限制步骤更可能是之前的超螺旋滑移将两个位点带到并排位置。
引用
@article{arxiv.1710.07509,
title = {Energy required to pinch a DNA plectoneme},
author = {Céline Barde and Nicolas Destainville and Manoel Manghi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.07509},
year = {2018}
}
备注
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