DNA中非线性激发的无序与涨落
生物大分子
2009-11-10 v2 无序系统与神经网络
数学物理
math.MP
斑图形成与孤子
基因组学
摘要
我们研究序列对DNA简单模型中非线性激发传播的影响，以及噪声如何改变这些影响。从先前关于非周期势定义格子上孤子动力学的结果[F. Domínguez-Adame et al., Phys. Rev. E 52, 2183 (1995)]出发，我们分析由来自人类基因组数据的真实DNA序列构建的格子行为。我们确认了阈值力（已在Fibonacci序列中发现）的存在，以及高度依赖于特定序列的停止位置。另一相关结论是，由Salerno和Kivshar引入的集体坐标形式的有效势[Phys. Lett. A 193, 263 (1994)]是识别控制更长序列行为的关键区域的有用工具。我们随后研究涨落如何通过帮助激发逃离停止位置来辅助传播过程。我们的结论指出模型的改进有望描述DNA的机械变性。最后，我们还考虑了随机分布的能量如何作为序列函数聚焦于链上。
引用
@article{arxiv.q-bio/0403003,
title = {Disorder and fluctuations in nonlinear excitations in DNA},
author = {Sara Cuenda and Angel Sanchez},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0403003},
year = {2009}
}
备注
14 pages, final version, accepted in Fluctuation and Noise Letters, scheduled to apper in vol. 4, issue 3 (2004)