惰性-F 循环的拆解：改进 Smith-Waterman 比对性能
数据结构与算法
2019-09-04 v1 分布式、并行与集群计算
摘要
Smith-Waterman 算法的分条变体以极高效率著称，且易于适配 SIMD 架构。然而，其改进潜力尚未穷尽。流行的 Lazy-F 循环启发式方法需要额外的内存访问操作，且该循环的最坏情况性能可能差至非向量化版本。我们展示了惰性-F 循环变换的演进过程，这些变换提升了循环性能，并最终完全消除了该循环。我们的算法在所有基于扫描的 SW 算法中取得了最佳渐近性能 O(n/p+log(p))，并且在实践中非常高效。
引用
@article{arxiv.1909.00899,
title = {De(con)struction of the lazy-F loop: improving performance of Smith Waterman alignment},
author = {Roman Snytsar},
journal= {arXiv preprint arXiv:1909.00899},
year = {2019}
}