将脉管系统用作坐标系以绘制人体所有细胞的考量
其他定量生物学
2019-11-11 v1
摘要
若干正在进行的国际努力正在开发在器官内定位单细胞或在单细胞水平绘制整个人体的方法，包括陈·扎克伯格倡议的人类细胞图谱（HCA）、克努特和爱丽丝·瓦伦堡基金会的人类蛋白质图谱（HPA），以及美国国立卫生研究院的人类生物分子图谱计划（HuBMAP）。它们的目标是理解细胞特化、相互作用、在自然背景下的空间组织，并最终理解体内每个细胞的功能。正如人类基因组计划必须组装来自不同人的序列数据以构建完整序列一样，世界各地的多个中心正在收集来自年龄、种族、性别和体型各异的多样化人群的组织标本。一项挑战是将这些异质组织样本组合成一个 3D 参考图谱，以实现对人体类似谷歌地图的多尺度、多维探索。使组织样本对齐得以实现的关键是识别并使用称为通用坐标系（CCF）的坐标系，它定义了参考身体中从整个器官到功能组织单元和单个细胞的位置或“地址”。在本展望中，我们考察基于脉管系统的 CCF 概念，并描述其为何是绘制人体的一个有吸引力的选择。
引用
@article{arxiv.1911.02995,
title = {Considerations for Using the Vasculature as a Coordinate System to Map All the Cells in the Human Body},
author = {Griffin M Weber and Yingnan Ju and Katy Börner},
journal= {arXiv preprint arXiv:1911.02995},
year = {2019}
}
备注
8 pages, 2 figures