一种用于生物细胞放置与连接的图形化、可扩展且直观的方法
神经与进化计算
2018-03-23 v1 图形学
神经元与认知
摘要
我们引入了一种源自计算机图形学领域的图形化方法，用于在二维流形上任意且直观地放置细胞。该方法以位图图像作为输入，其中颜色指示不同结构的标识，Alpha 通道指示局部细胞密度，从而保证了遵循局部密度函数的细胞位置离散分布。该方法可扩展至任意数量的细胞，允许同时指定具有任意形状的多种不同结构，并为更经典的一致非空间分布假设提供了一种可扩展且通用的替代方案。此外，利用自动映射或用户定义的局部参考系，可以从细胞间的成对距离中推导出多种连接方案，从而为底层模型提供新的计算特性。该方法在离散均匀神经场、视网膜中视锥细胞和视杆细胞的分布以及基底神经节的冠状视图上进行了说明。
引用
@article{arxiv.1710.05189,
title = {A graphical, scalable and intuitive method for the placement and the connection of biological cells},
author = {Nicolas P. Rougier},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.05189},
year = {2018}
}
备注
Corresponding code at https://github.com/rougier/spatial-computation