HP 蛋白质折叠模型中的拼接非单调性与最优链环

疏水-极性（HP）模型将蛋白质表示为嵌入晶格中的二进制字符串，并通过能量分数来衡量折叠质量。我们证明，在包括二维和三维矩形、六边形及三角形晶格在内的几种标准晶格中，最优折叠能量在拼接操作下不具有单调性。换言之，将两条聚合物拼接在一起，可能会产生最优能量比其中任一聚合物单独折叠时严格更差的折叠构型。对于闭合链，我们证明了在 Agarwala 等人（1997）的疏水性水平模型下，恰当的链环可以作为唯一的最优折叠出现，揭示了 HP 模型与纽结/链环理论之间出人意料的联系。