获取蛋白质-配体系统热力学参数的互补实验方法
化学物理
2022-11-07 v1 软凝聚态物质
统计力学
摘要
近年来，热泳已成为量化生物分子相互作用的一种有前景的工具。其 underlying物理效应仍未被理解。为获得更深入的认识，我们研究非平衡系数是否可与平衡性质相关联。因此，我们将由热扩散强迫瑞利散射（TDFRS）（一种非平衡过程）测得的热泳数据与由等温滴定量热法（ITC）（一种平衡过程）获得的热力学数据进行比较。作为参考系统，我们研究了乙二胺四乙酸（EDTA）与氯化钙（CaCl）之间的螯合反应，以利用Eastman [J. Am. Chem. Soc. 50, 283 (1928)]提出的表达式，将由Soret系数 量化的热泳行为与ITC实验中确定的吉布斯自由能 相关联。最后，我们研究了蛋白质牛碳酸酐酶I（BCA I）与两种不同苯磺酰胺衍生物：4-氟苯磺酰胺（4FBS）和五氟苯磺酰胺（PFBS）的结合。对于所有三个系统，我们发现由 计算的吉布斯自由能与ITC实验的 一致。此外，我们还研究了荧光标记的影响，其允许在热泳微流控池中进行测量。使用ITC对荧光标记系统的重新检查显示染料对结合行为有强烈影响。
引用
@article{arxiv.2211.02343,
title = {Complementary experimental methods to obtain thermodynamic parameters of protein ligand systems},
author = {Shilpa Mohanakumar and Namkyu Lee and Simone Wiegand},
journal= {arXiv preprint arXiv:2211.02343},
year = {2022}
}