通过调节拉力强度改变FnIII10的机械去折叠路径
生物大分子
2009-01-21 v2 软凝聚态物质
摘要
我们通过全原子蒙特卡洛模拟，在恒定力和恒定拉伸速度下研究了纤连蛋白第十个III型结构域FnIII10的机械去折叠。我们观察到明显的两态去折叠以及涉及三个主要、互斥中间态之一的几种去折叠路径。所有三个主要中间态都缺少七个天然β-折叠股中的两个，并具有非常相似的延伸长度。发现去折叠行为强烈依赖于拉伸条件。特别是，我们观察到中间态出现的相对频率存在很大变化。在低恒定力或低恒定速度下，所有三个主要中间态都以显著频率出现。在高恒定力或高恒定速度下，其中一个（N端和C端β-折叠股脱离的中间态）主导了其他两个。利用扩展的Jarzynski等式，我们还估计了作为链延伸函数的平衡自由能景观。施加恒定拉力导致自由能分布中出现三个主要局部极小值。其中两个分别对应于天然态和完全去折叠态，而第三个则与主要的去折叠中间态相关。
引用
@article{arxiv.0810.0147,
title = {Changing the mechanical unfolding pathway of FnIII10 by tuning the pulling strength},
author = {Simon Mitternacht and Stefano Luccioli and Alessandro Torcini and Alberto Imparato and Anders Irbäck},
journal= {arXiv preprint arXiv:0810.0147},
year = {2009}
}
备注
15 pages, 9 figures