细胞自由性可度量化为fastq文件的Lempel-Ziv复杂度

许多研究使用转录组数据的香农熵来确定细胞去分化和分化。证据的积累加强了转录组香农熵可用于量化细胞去分化和分化的确定性。在量化此细胞状态合理化的基础上，我们提出以自由性（liberality）一词表示细胞去分化和分化的定量值。在以往研究中，我们必须通过比对、标签计数、组装及更多生物信息学处理将原始转录组数据转换为定量转录组数据，以计算自由性。若能从自由性估计中移除这一转换步骤，我们便可节省计算资源与时间，并消除使用计算机的技术困难。在本研究中，我们提出一种无需那些转录组数据转换过程即可计算细胞自由性的方法。我们可通过测量原始转录组数据的压缩率来计算自由性。该技术与参考基因组数据无关，提升了细胞自由性的普适性。