利用单细胞熵从单细胞 RNA-seq 数据量化细胞转录
定量方法
2020-02-18 v1
摘要
我们提出利用单细胞熵(scEntropy)度量来自单细胞 RNA-seq 数据的细胞转录组谱的有序性,从而通过 scEntropy 继以高斯混合模型(scEGMM)实现一种无监督细胞类型分类方法。scEntropy 在定义细胞的内在转录状态上直截了当。scEGMM 是一种不包含参数且不聚类的连贯细胞类型分类方法;然而,在基准研究中它与现有的基于机器学习的方法相当,并有助于生物学解释。
引用
@article{arxiv.2002.06391,
title = {Single-cell entropy to quantify the cellular transcription from single-cell RNA-seq data},
author = {Jingxin Liu and You Song and Jinzhi Lei},
journal= {arXiv preprint arXiv:2002.06391},
year = {2020}
}
备注
7 pages, 5 figures