代谢反应布尔二部网络的分支过程方法
统计力学
2012-08-27 v2 生物物理
分子网络
摘要
分支过程方法已成功用于解释复杂网络中的雪崩动力学。然而，其应用主要集中在所有节点均为同类型的单部网络。在此，出于理解代谢网络中雪崩动力学的需要，我们将 BP 方法扩展至由布尔 AND 和 OR 逻辑门组成的特定二部网络。我们通过积分掉 OR 门将二部网络简化为单部网络，并获得了剩余 AND 门的有效分支比。随后将标准 BP 方法应用于简化后的网络，得到了雪崩大小分布。我们通过在模型网络和两个微生物代谢网络上进行仿真测试了 BP 结果，证明了 BP 方法的有效性。
引用
@article{arxiv.1203.5574,
title = {Branching process approach for Boolean bipartite networks of metabolic reactions},
author = {Deokjae Lee and K. -I. Goh and B. Kahng},
journal= {arXiv preprint arXiv:1203.5574},
year = {2012}
}