生物分子跃迁：路径、自由能和速率的高效计算
生物物理
2011-09-06 v1
摘要
我们提出了一种高效计算双态系统状态间跃迁速率的方法。该方法利用了此类系统中稳态通量与平均首次通过速率之间的等价性。更具体而言，该过程将构型空间划分为较小的区域，并在每个区域内高效地平衡轨迹。每对区域之间平衡后的条件概率导出了两个状态之间的跃迁速率。我们将该过程应用于钙结合蛋白钙调蛋白 (calmodulin) 一个 70 残基片段的非平凡粗粒化模型。与暴力模拟相比，该过程显著提高了效率，且这种效率随着温度的降低而急剧增加。
引用
@article{arxiv.1109.0744,
title = {Biomolecular transitions: efficient computation of pathways, free energies, and rates},
author = {Divesh Bhatt and Ivet Bahar},
journal= {arXiv preprint arXiv:1109.0744},
year = {2011}
}