BACOM2：用于检测异质性肿瘤中拷贝数正常细胞污染的Java工具
基因组学
2015-05-19 v1
摘要
我们开发了一个跨平台开源Java应用程序（BACOM2）带图形用户界面（GUI），用户也可使用XML文件设置算法模型参数、文件路径和配对样本数据集。BACOM2实现了异质癌症组织拷贝数变化分析的完整新流程，包括从配对样本CEL文件提取原始拷贝数信号、衰减校正、平衡AB基因型位点识别、拷贝数检测与分割、全局基线计算和绝对归一化、缺失类型区分、正常组织分数估计和正常组织污染校正。BACOM2专注于异质癌症组织拷贝数分析的数据准备和绝对归一化通用工具。该软件为需要用户友好、高速处理、跨平台计算环境进行大拷贝数数据分析的科学家提供了额外选择。
引用
@article{arxiv.1505.04295,
title = {BACOM2: a Java tool for detecting normal cell contamination of copy number in heterogeneous tumor},
author = {Yi Fu and Jun Ruan and Guoqiang Yu and Douglas A. Levine and Niya Wang and Ie-Ming Shih and Zhen Zhang and Robert Clarke and Yue Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1505.04295},
year = {2015}
}
备注
9 pages, 6 figures