AxonEM 数据集：脑皮层区域的 3D 轴突实例分割
计算机视觉与模式识别
2021-07-13 v1
摘要
电子显微镜（EM）能够在单个突触水平重建神经环路，这对科学发现具有变革性意义。然而，由于复杂的形态，皮层轴突的准确重建已成为一大挑战。更糟糕的是，目前没有公开可用的来自皮层的的大规模 EM 数据集提供轴突的密集真值分割，难以开发和评估大规模轴突重建方法。为此，我们引入 AxonEM 数据集，其包含分别来自人类和小鼠皮层的两个 30x30x30 um^3 EM 图像体。我们彻底校对超过 18,000 个轴突实例以提供密集 3D 轴突实例分割，支持大规模轴突重建方法的评估。此外，我们针对每个数据体密集标注了九个真值子体用于训练。基于此，我们复现了两种已发布的最先进方法并给出其评估结果作为基线。我们公开发布代码与数据于 https://connectomics-bazaar.github.io/proj/AxonEM/index.html 以促进先进方法的发展。
引用
@article{arxiv.2107.05451,
title = {AxonEM Dataset: 3D Axon Instance Segmentation of Brain Cortical Regions},
author = {Donglai Wei and Kisuk Lee and Hanyu Li and Ran Lu and J. Alexander Bae and Zequan Liu and Lifu Zhang and Márcia dos Santos and Zudi Lin and Thomas Uram and Xueying Wang and Ignacio Arganda-Carreras and Brian Matejek and Narayanan Kasthuri and Jeff Lichtman and Hanspeter Pfister},
journal= {arXiv preprint arXiv:2107.05451},
year = {2021}
}
备注
The two first authors contributed equally. To be published in the proceedings of MICCAI 2021