生物转换中遗传通路的平均倍数变化
组织与器官
2023-05-22 v1 基因组学
摘要
从状态 N 到状态 T 的生物转换的特征在于系统中基因表达谱的重排，这通过基因的差异表达进行定量测量。相比之下，遗传通路的变化通常通过假设检验方案来评估。我们引入一种定量度量，以评估生物转换中遗传通路的平均倍数变化，并将其应用于在一般基础上刻画从正常组织到肿瘤的转换。此外，我们研究了从原发性黑色素瘤到转移性黑色素瘤的转化。为此使用了来自 TCGA 门户的 16 种肿瘤的基因表达数据以及 Reactome 的通路汇编。
引用
@article{arxiv.2305.11245,
title = {Average fold-change of genetic pathways in biological transitions},
author = {Sandra Costa and Joan Nieves and Augusto Gonzalez},
journal= {arXiv preprint arXiv:2305.11245},
year = {2023}
}