论癌症的基因表达景观
组织与器官
2023-05-10 v3 分子网络
摘要
对 15 种癌症部位的 TCGA 数据所作的主成分分析揭示了关于肿瘤的以下定性事实:1) 组织在基因表达空间中的状态可由少数变量描述。特别地,存在一个单一变量描述从正常组织到肿瘤的进展过程。2) 每种癌症部位由一个基因表达谱刻画,其中各基因在癌症状态的定义中具有特定权重。差异表达基因不少于 2500 个,这导致表达分布函数出现幂律型尾部。3) 不同部位的肿瘤共享数百乃至数千个差异表达基因。在所研究的 15 种肿瘤部位中,有 6 个基因是共同的。4) 肿瘤区域是一种吸引子。晚期肿瘤独立于患者年龄或遗传变异而收敛于该区域。5) 在基因表达空间中存在一幅癌症景观,其中有一条近似边界将正常组织与肿瘤分开。
引用
@article{arxiv.2003.07828,
title = {On the gene expression landscape of cancer},
author = {Augusto Gonzalez and Yasser Perera and Rolando Perez},
journal= {arXiv preprint arXiv:2003.07828},
year = {2023}
}