ATP 依赖的 NS3 解旋酶与 RNA 相互作用：来自分子模拟的见解
生物大分子
2016-01-06 v1 生物物理
化学物理
摘要
丙型肝炎病毒的非结构蛋白 3（NS3）解旋酶是一种以 ATP 依赖机制解开并沿核酸移位的酶，在病毒 RNA 复制中起关键作用。基于晶体结构和单分子实验，已提出一种尺蠖式移位机制。我们在微秒时间尺度上对现有实验结构在显式溶剂中进行了全原子分子动力学模拟。我们还构建并模拟了移位过程的假定中间体，并进行了非平衡靶向模拟以估计它们的相对稳定性。对于每个模拟结构，我们仔细表征了可用的构象空间、配体结合口袋和 RNA 结合裂隙。对氢键网络和非平衡轨迹的分析表明，一种蛋白质构象体具有 ATP 依赖的稳定化作用。此外，焓计算表明，熵效应可能对实验观察到的结构的稳定化至关重要。
引用
@article{arxiv.1508.05199,
title = {ATP dependent NS3 helicase interaction with RNA: insights from molecular simulations},
author = {Andrea Pérez-Villa and Maria Darvas and Giovanni Bussi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.05199},
year = {2016}
}
备注
This article has been accepted for publication in Nucleic Acids Research Published by Oxford University Press