SH3 结构域的成核与过渡态
生物大分子
2007-05-23 v1 其他定量生物学
摘要
我们提出了一种经验证的 SH3 结构域过渡态（TS）系综的计算模型。该模型针对三个独立的 SH3 结构域，利用全原子蛋白质折叠模拟中的实验 Φ 值构建。对全部构象取平均会错误地将非 TS 构象视为过渡态，而通过测量其透射系数（pfold，或折叠概率）将结构定量划分为前 TS、TS 与后 TS，可对折叠核的结构得出严格结论，并对折叠过程进行完整机理分析。通过对 TS 的分析，我们观察到高度极化的折叠核，其中许多残基暴露于溶剂。机理分析表明疏水核主要在早期成核步骤之后形成。SH3 为研究成核-缩合机制提供了理想体系，并凸显了实验与模拟在蛋白质折叠研究中的协同关系。
引用
@article{arxiv.q-bio/0503027,
title = {Nucleation and the transition state of the SH3 domain},
author = {Isaac A. Hubner and Katherine A. Edmonds and Eugene I. Shakhnovich},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0503027},
year = {2007}
}
备注
In press at the Journal of Molecular Biology