核酸解旋酶易位与解旋的双态模型
生物物理
2008-06-15 v4
摘要
解旋酶是解开双链核酸（dsNA，如 DNA 和 RNA）的分子马达。典型情况下，解旋酶沿其中一条核酸单链易位并在解开双链的同时利用三磷酸腺苷（ATP）水解作为能量来源。在此，我们建立了一个可以在两种状态之间切换的解旋酶马达模型，这两种状态可能代表 ATP 水解循环中的两个不同点。我们的模型是对早期 Betterton-Jülicher 解旋酶模型的扩展，以纳入状态间的切换。该模型的主要预测是 dsNA 的解旋速度以及围绕平均解旋速度的涨落。受近期关于丙型肝炎病毒 NS3 解旋酶遵循闪烁棘轮机制的主张所启发，我们将 NS3 解旋酶的实验结果与我们模型中对应于闪烁棘轮情景的特殊极限进行了比较。我们的模型解释了 NS3 解旋酶实验数据的一个关键特征。然而，在不同条件下进行的实验中存在的相互矛盾的观测结果限制了模型与实验的比较能力。
引用
@article{arxiv.0707.2766,
title = {A two-state model for helicase translocation and unwinding of nucleic acids},
author = {Ashok Garai and Debashish Chowdhury and M. D. Betterton},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.2766},
year = {2008}
}
备注
minor modifications