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含假结 RNA 结构的渐近计数

生物大分子 2009-09-29 v1 组合数学

摘要

在本文中,我们给出了含假结 RNA 结构的渐近计数。我们开发了一个通用框架,用于计算 kk-非交叉 RNA 结构的指数增长率和次指数因子。我们的结果基于在 \cite{Reidys:07pseu} 中导出的 kk-非交叉 RNA 假结结构数量 Sk(n){\sf S}_k(n) 的生成函数,其中 k1k-1 表示相互交叉键集的最大尺寸。我们证明了生成函数 n0Sk(n)zn\sum_{n\ge 0}{\sf S}_k(n)z^n 的泛函方程,并分别获得了 k=2k=2k=3k=3 的解析延拓和奇点展开。我们的结果隐含了对于任意 kk 奇点展开都存在,并且通过解析组合学的转移定理,我们获得了系数的渐近表达式。我们显式推导了 2-和 3-非交叉 RNA 结构的渐近表达式。我们的主要结果是推导出了公式 S3(n)10.47244!n(n1)...(n4)(5+212)n{\sf S}_3(n) \sim \frac{10.4724\cdot 4!}{n(n-1)...(n-4)} (\frac{5+\sqrt{21}}{2})^n

关键词

引用

@article{arxiv.0706.3137,
  title  = {Asymptotic Enumeration of RNA Structures with Pseudoknots},
  author = {Emma Y. Jin and Christian M. Reidys},
  journal= {arXiv preprint arXiv:0706.3137},
  year   = {2009}
}

备注

22 pages, 7 figures