注释富集分析：评估基因集功能特性的替代方法
定量方法
2013-05-06 v2 基因组学
摘要
基因注释数据库（由科学界维护的描述单个基因所执行生物功能的汇编）通常用于评估实验衍生基因集的功能特性。重叠统计量，如 Fisher 精确检验 (FET)，常用于评估这些关联，但未考虑注释到单个功能的基因数量或关联到单个基因的功能数量的非均匀性。我们发现，如果基因集具有异常高的注释数量，FET 会强烈偏向于高估重叠显著性。为了纠正这些偏差，我们开发了注释富集分析 (AEA)，该方法恰当地考虑了注释的非均匀性。我们表明，AEA 能够识别被 FET 中大量假阳性富集评分所掩盖的具有生物学意义的功能富集，因此我们建议使用 AEA 来更准确地评估基因集的生物学特性。
引用
@article{arxiv.1208.4127,
title = {Annotation Enrichment Analysis: An Alternative Method for Evaluating the Functional Properties of Gene Sets},
author = {Kimberly Glass and Michelle Girvan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1208.4127},
year = {2013}
}