RNA-seq 数据差异表达分析中的偏差：重复类型的问题
基因组学
2015-08-18 v1
摘要
在 RNA-seq 计数数据的差异表达（DE）分析中，已知具有较大读段数的基因更可能被差异表达。这种偏差通过扰动基因集的排名对后续的基因本体（GO）分析产生深远影响。另一个已知偏差是，常用的参数化 DE 分析方法（例如 edgeR、DESeq 和 baySeq）往往随着测序深度增加而产生更多 DE 基因。然而，我们表明这些偏差实际上仅限于技术重复类型的数据。我们还表明，应用于技术重复数据的 GO 或基因集富集分析方法导致相当数量的假阳性。总之，当前的 DE 和富集分析方法可放心用于生物学重复计数数据，而在分析技术重复数据时应谨慎。
引用
@article{arxiv.1508.03719,
title = {Biases in differential expression analysis of RNA-seq data: A matter of replicate type},
author = {Sora Yoon and Dougu Nam},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.03719},
year = {2015}
}
备注
18 pages, 6 figures