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基于基因组信息场论(GIFT)的基因型-表型关联分析

定量方法 2022-06-10 v2 统计方法学

摘要

我们展示了在表型为连续变量的情况下,如何运用场论与信息论量化基因型与表型之间的关系。给定来自多种已知基因型的表型测量样本群体,我们展示了表型数据的排序如何实现对基因型效应的量化。该方法不假设数据服从高斯分布,其在提取基因型对表型的微弱且异常依赖关系上尤为有效。然而,在数据具有特殊形式(如高斯)的情况下,我们观察到有效表型场具有特殊形式。我们利用渐近分析求解该问题的正向与逆向两种表述。我们展示了如何计算 pp 值,从而量化表型与基因型之间相关性的显著性。这为全基因组关联研究 GWAS 中使用的传统方法提供了重要推广。我们推导出一种场强,可用于推断基因型与表型之间的相关性及其对表型分布的影响。

关键词

引用

@article{arxiv.2202.11989,
  title  = {Analysis of Genotype-Phenotype Association using Genomic Informational Field Theory (GIFT)},
  author = {Jonathan Wattis and Sian Bray and Panagiota Kyratzi and Cyril Rauch},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2202.11989},
  year   = {2022}
}

备注

36pp, 6 fig, to appear in Journal of Theoretical Biology