一种用于推断临床恶性疟原虫分离株中菌株混合的统计整合模型
应用统计
2015-06-01 v1 种群与进化
摘要
自1960年代末基因分型方法出现以来，研究人员一直对临床恶性疟原虫分离株中观察到的菌株混合的临床后果感到困惑。我们提出了一种新统计模型，利用全基因组测序数据推断存在的菌株数量以及与当地群体（泛交）的混合程度。该模型提供了一种严格的统计方法来推断这些量以及每个样本中菌株的比例。应用于来自加纳北部的168个全基因组测序数据样本，该模型对于大多数样本（129/168）比采用更简单混合方法的模型显著改善了拟合。我们讨论了该模型作为临床和流行病学研究中宿主内选择窗口的可能用途，并概述了实验验证的可能手段。
引用
@article{arxiv.1505.08171,
title = {An integrative statistical model for inferring strain admixture within clinical Plasmodium falciparum isolates},
author = {John D. O'Brien and Zamin Iqbal and Lucas Amenga-Etego},
journal= {arXiv preprint arXiv:1505.08171},
year = {2015}
}