一种利用 CUDA 加速 DNA 序列重构问题的方法
分布式、并行与集群计算
2014-04-15 v1 计算工程、金融与科学
摘要
传统上，我们通常利用鸟枪法将 DNA 序列切割成片段，并必须从这些片段中重构原始 DNA 序列，这是广泛用于 DNA 组装的方法。新兴的 DNA 测序技术为分子生物学开辟了更多机遇。本文介绍了一种新方法，利用基于 CUDA 编程模型的后缀数组来提高重构 DNA 序列的效率。实验结果表明，在 Intel(R) Core(TM) i3-3110K 四核处理器和 NVIDIA GeForce 610M GPU 上，使用 GPU 构建后缀数组是一种更高效的方法，研究表明我们方法的性能是 CPU 串行实现的 20 倍以上。我们相信我们的方法为生物信息学社区提供了一种具有成本效益的解决方案。
引用
@article{arxiv.1404.3456,
title = {A Way For Accelerating The DNA Sequence Reconstruction Problem By CUDA},
author = {Yukun Zhong and ZhiWei He and XianHong Wang and XiongBin Cao},
journal= {arXiv preprint arXiv:1404.3456},
year = {2014}
}
备注
7 pages, 13 figures