利用 GPU 求解非编码 DNA 序列的最长重叠区域问题
分布式、并行与集群计算
2014-10-29 v2 计算工程、金融与科学
摘要
GPU 早期的硬件限制（缺乏同步原语和有限的内存缓存机制）可能导致基于 GPU 的计算效率低下。如今，生物技术为生物信息学和生物工程带来了更多机遇。本文介绍了一种在 Intel(R) Core(TM) i3-3110m 四核处理器上，利用 Compute Unified Device Architecture (CUDA) 平台求解非编码 DNA 序列最长重叠区域的方法。与标准 CPU 实现相比，CUDA 的性能证明该非编码 DNA 最长重叠区域识别方法是高性能生物信息学应用的有效途径。研究表明，GPU 的执行效率比 CPU 串行实现提高了 20 倍以上。我们相信，我们的方法为生物信息学界解决最长重叠区域识别问题及相关领域提供了一种具有成本效益的解决方案。
引用
@article{arxiv.1404.3448,
title = {Solving The Longest Overlap Region Problem for Noncoding DNA Sequences with GPU},
author = {YuKun Zhong and BaoQiu Wang and JianBiao Lin and Chen Tao and Che Nian and Xie Wen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1404.3448},
year = {2014}
}
备注
6 pages, 6 figures