使用 GPU 的超快多基因组序列匹配
数据结构与算法
2015-05-05 v4 分布式、并行与集群计算
摘要
本文基于 Intel Core i7 3770K 四核处理器和 NVIDIA GeForce GTX680 GPU，提出了一种对后缀树和后缀数组的大规模并行实现进行对比评估的方法，以加速基因组序列匹配。除了后缀数组所需空间仅约为后缀树的 20%~30% 之外，合并二分搜索和分块优化使得后缀数组在使用 GPU 时明显优于后缀树。因此，实验结果表明，基于后缀数组的多基因组序列匹配比 CPU 串行实现加速了 99 倍以上。毫无疑问，基于后缀数组的大规模并行匹配算法是高性能生物信息学应用的有效途径。
引用
@article{arxiv.1303.3692,
title = {Ultra-fast Multiple Genome Sequence Matching Using GPU},
author = {Gang Liao and Qi Sun and Longfei Ma and Sha Ding and Wen Xie},
journal= {arXiv preprint arXiv:1303.3692},
year = {2015}
}
备注
The 2013 International Conference on High Performance Computing & Simulation (ACM/IEEE HPCS 2013)