基于NVIDIA CUDA和MPI的Aho-Corasick与Wu-Manber算法混合并行实现及其在生物序列数据库上的评估
分布式、并行与集群计算
2014-07-11 v1 计算工程、金融与科学
摘要
多模式匹配算法用于在大型输入字符串中定位有限模式集中模式的出现。Aho-Corasick和Wu-Manber是两种最著名的多模式匹配算法，它们需要强大的计算能力，特别是在处理大规模数据集时，这在计算生物学应用中很常见。近年来，图形处理器（GPU）已发展为强大的并行处理器，在科学计算中性能优于中央处理器（CPU）。此外，多个GPU可以并行使用，形成混合计算机集群配置，以实现更高的处理吞吐量。本文评估了在混合GPU集群上并行实现Aho-Corasick和Wu-Manber算法的加速比，该实现用于处理人类基因组表达序列标签的快照，并针对不同问题参数进行了评估。
引用
@article{arxiv.1407.2889,
title = {A Hybrid Parallel Implementation of the Aho-Corasick and Wu-Manber Algorithms Using NVIDIA CUDA and MPI Evaluated on a Biological Sequence Database},
author = {Charalampos S. Kouzinopoulos and John-Alexander M. Assael and Themistoklis K. Pyrgiotis and Konstantinos G. Margaritis},
journal= {arXiv preprint arXiv:1407.2889},
year = {2014}
}