一种用于DNA序列匹配的优化并行无失效Aho-Corasick算法
分布式、并行与集群计算
2018-11-27 v1 数据结构与算法
性能
摘要
Aho-Corasick算法是一种多模式串搜索算法，在诸如网络入侵检测和生物信息学等应用中顺序运行，用于在给定的大输入字符串中查找若干输入字符串。Aho-Corasick算法的并行版本被称为并行无失效Aho-Corasick算法，因为它不像原始Aho-Corasick算法那样需要失效链接。在本研究中，我们通过应用若干缓存优化技术，将一种特定于应用的并行无失效Aho-Corasick算法实现到通用图形处理单元上，用于匹配DNA序列。由于其在匹配DNA序列时的简洁性以及对图形处理单元缓存内存的优化使用，我们的并行Aho-Corasick算法表现出优于现有并行Aho-Corasick算法库的性能。
引用
@article{arxiv.1811.10498,
title = {An optimized Parallel Failure-less Aho-Corasick algorithm for DNA sequence matching},
author = {Vajira Thambawita and Roshan G. Ragel and Dhammike Elkaduwe},
journal= {arXiv preprint arXiv:1811.10498},
year = {2018}
}
备注
6 pages, 3 figures, 4 tables, 5 graphs, 2016 IEEE International Conference on Information and Automation for Sustainability (ICIAfS)