用于计算 HOMFLY 多项式的拓扑框架及其在蛋白质中的应用
生物大分子
2011-04-19 v1
摘要
聚合物可被建模为开放多边形路径，其闭合会产生纽结。目前，打结蛋白质的检测是通过基于一个对纽结手性不敏感的通用框架的高通量方法实现的。在此，我们提出一个用于计算 HOMFLY 多项式（一种对手性敏感的拓扑不变量）的拓扑框架。我们的方法将多分量约化方案与多项式计算相结合。在经过对已列表纽结和链环的验证后，该框架被应用于整个蛋白质数据库，并配合一组选定的拓扑检查，以剔除人工纠缠的结构。由此得到了一份最新的打结蛋白质表，其中还包括在最近提交的蛋白质结构中新检测到的两个右手三叶结。我们框架的应用范围不限于蛋白质，还可扩展到生物和合成聚合物的拓扑分析，以及更一般的任意多边形路径。
引用
@article{arxiv.1104.3405,
title = {A Topological Framework for the Computation of the HOMFLY Polynomial and Its Application to Proteins},
author = {Federico Comoglio and Maurizio Rinaldi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1104.3405},
year = {2011}
}
备注
20 pages, 7 figures